以前、聞かれて「すいません。わかりません。」って言ってしまった事なんですが。
Safariのポップアップウインドウを開かないにチェックを入れていてもFlashからポップアップを開くようにする方法
がわかりましたので自分の為にメモします。

＊「GRAM | グラム」さんの記事に「Opening External Links in new window from AS3」というのが紹介されていました。

それを参考にして、AS2で「Safari」とそれ以外のブラウザで分岐させ「Safari」の場合はgetURLを、それ以外のブラウザはExternalInterface.calを使うのを作ってみました。

＊_rootにbtn_mcと言う名前のMovieClipを置きタイムラインの1フレーム目にScriptを書いてる場合の例。

import flash.external.ExternalInterface;

var browserAgent = ExternalInterface.call ("function getBrowser(){return navigator.userAgent;}");

btn_mc.onRelease = function ()
{
	if (browserAgent != null && browserAgent.indexOf ("Safari") >= 0) {
		getURL ("javascript:window.open('http://yabuchany.com/blog', '_blank');void(0)");
	} else {

		ExternalInterface.call ("function() {javascript:window.open('http://yabuchany.com/blog', '_blank');}");
	}
};

その他参考にしたサイト
Adobeの「サポートデータベース」「［228619］Flash でポップアップブラウザウィンドウを作成する方法」